La principal controversia que ha generado enorme recelo y oposición es que las negociaciones del TPP han sido a puerta cerrada y en absoluta secrecía, volviéndolo un proceso antidemocrático y opaco; bajo la premisa de que la confidencialidad es un aspecto clave de las negociaciones, por lo que se desconocen las posturas de los países participantes y los acuerdos alcanzados hasta el momento.